Hallo Tanja,
Wassergeflügel und Hühner sind grundsätzlich getrennt zu halten. Ich habe auch jahrelang Hühner und Enten gehalten, habe aber für beide Tierarten getrennte Ställe und Ausläufe gehabt und nie Probleme mit Krankheiten gehabt. Das Problem liegt vor allem im "Gründeln" der Enten, d.h. das Wasser der Enten ist nach kurzer Zeit verschmutzt. Außerdem koten sie ins Wasser, was aus hygienischen Gründen problematisch für die Eier der Hühner ist (Salmonellen...). Die Enten sind in der Regel robuster als Hühner, ihnen macht das nicht aus, das ist ja auch in der Natur so, aber durch den Kontakt mit den Keimen im und ums Wasser werden die Hühner krank.
Ich würde dir raten auf jeden Fall getrennte Ställe und Gehege zu verwenden.
Grüße, hasenglueck